Taman Wisata Perairan Gili Matra yang selanjutnya disebut TWP Gili Matra mempunyai luas wilayah sebesar 2.954 Ha yang terdiri dari daratan seluas 665 Ha dan sisanya berupa wilayah perairtungan masyarakat terhadap ekosistem tersebut terutama di bidang pariwisata perlu diimbangi dengan kesadaran yang besar akan arti pentingnya ekosistem di wilayah perairan tersebut. Oleh karena itu, informasi mengenai ekosistem tersebut sangat diperlukan bagi penentu kebijakan didalam mengelola wilayahnya. Penelitian ini merupakan studi awal untuk mengetahui kondisi ekosistem terumbu karang beserta ekosistem terkait seperti ekosistem lamun (seagrass) dan mangrove, yang hasil penelitiannya sebagai data dasar dalam COREMAP-CTI Fase III. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu untuk penilaian kondisi terumbu karang menggunakan Underwater Photo Transcect (UPT), UVC (Underwater Visual Census) untuk mengetahui kelimpahan ikan karang, reef check untuk mengetahui kelimpahan megabentos, transek kuadrat untuk menilai kondisi lamun serta transek kuadrat dan hemispherical photography untuk menilai kondisi mangrove, serta keseluruhan informasi tersebut disajikan secara spasial (keruangan) melalui SIG (Sistem Informasi Geografi). Berdasarkan penelitian yang dilakukan menunjukkan bahwa kondisi karang di perairan Gili Matra dalam kondisi kurang baik dengan rata-rata persentasi tutupan karang hidup sebesar 24,48%.