Kabupaten Natuna, Provinsi Kepulauan Riau merupakan salah satu wilayah yang memiliki potensi sumberdaya pesisir dan laut yang sangat potensial untuk dikembangkan. Untuk mengoptimalkan upaya pengembangan sumberdaya pesisir tersebut, perlu dilakukan kegiatan inventarisasi. Pesatnya pertumbuhan penduduk diikuti oleh berbagai macam kegiatan pembangunan, yang mengancam ekosistem penting yang berada diwilayah pesisir dan laut. Terumbu karang, padang lamun, dan mangrove merupakan tiga ekosistem penting, karena merupakan tempat hidup bagi banyak biota laut. Informasi mengenai ketiga ekosistem tersebut sangat diperlukan bagi penentu kebijakan dalam mengelola. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui kondisi ekosistem terumbu karang beserta ekosistem terkait seperti ekosistem lamun (seagrass) dan mangrove, serta menjadikan hasil penelitiannya sebagai data dasar dan pembanding diakhir kegiatan COREMAP Fase III. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu CPCe versi 4.1. (Coral Point Count with Excel extension) untuk penilaian kondisi terumbu karang, UVC (Underwater Visual Census) untuk mengetahui kelimpahan ikan karang, reef check benthos untuk mengetahui kelimpahan megabentos, transek kuadrat untuk menilai kondisi lamun dan mangrove. Keseluruhan informasi tersebut disajikan secara spasial melalui Sistem Informasi Geografi (SIG).

Berdasarkan penelitian yang dilakukan, diketahui kondisi tutupan karang di Pulau Natuna berkisar antara 4,3% - 40,73% dan tergolong dalam kategori örendahö. Kelimpahan ikan yang tinggi disebabkan oleh hadirnya jenis-jenis ikan dari suku Scaridae, Caesionidae, Siganidae dan Lutjanidae. Meskipun demikian, ikan-ikan dari suku Caesionidae atau ikan ekor kuning mendominasi jumlah individu ikan target. Tegakan mangrove di Pulau Natuna dan sekitarnya menunjukan kondisi hutan mangrove termasuk dalam kategori sedang dengan kerapatan rata-rata yang cukup tinggi (kategori padat). Nilai keanekaragaman jenis fauna megabentos berada pada kondisi yang rendah. Pengamatan ekosistem padang lamun menunjukkan bahwa kondisinya tergolong miskin, namun beberapa jenis biota masih ditemukan berasosiasi dengan lamun. Ditemukan sebanyak 11 jenis kepiting selama pengamatan. Parasesarma plicatum dan Perisesarma sp2 memiliki sebaran yang relatif luas dan hadir hampir di semua stasiun pengamatan. Nilai indeks keragaman jenis (H‟) tertinggi terdapat pada stasiun NTNM09 (1,768) dan terendah pada stasiun NTNM08 (0,387). Nilai kemerataan jenis (J‟) berkisar antara 0,559 û 0,908. Hasil pengamatan pada masing-masing stasiun menunjukkan komunitas kepiting pada ekosistem mangrove berada dalam kondisi relatif rendah. bentuk peta tematik. Habitat laut dangkal yang berhasil dipetakan dari citra satelit Landsat 8 terdiri dari tiga kelas yaitu karang, makroalgae, serta substrat terbuka. Lamun sulit dipetakan karena tutupannya sangat jarang