Pengamatan terhadap kondisi kesehatan ekosistem terumbu karang dan ekosistem terkait lainnya merupakan suatu indikator yang dapat mengevaluasi capaian program COREMAP û CTI. Pelaksanaan kegiatan diawali dengan melakukan studi dasar selanjutnya akan dimonitor setiap tahunnya. Pengamatan dilakukan pada September û Oktober 2014 di Kawasan Konservasi Perairan Daerah Kepulauan Mentawai. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan data dasar mengenai kondisi terumbu karang, mangrove dan lamun. Hasil pengamatan di Kabupaten Kepulauan Mentawai menggambarkan kondisi habitat perairan dangkal yang terdiri dari ekosistem terumbu karang, mangrove dan lamun. Nilai tutupan karang pada kawasan ini berkisar dari 1,67 % hingga 70,37 % dengan nilai rata-rata sebesar 25,67 %. Kondisi ini dapat dikategorikan ôsedangö. Kondisi terumbu karang diikuti dengan keanekaragaman jenis, kelimpahan dan biomassa ikan yang rendah. Ikan target yang paling dominan adalah famili Serranidae yaitu sebanyak 15 jenis. Rata-rata kelimpahan ikan target diseluruh lokasi adalah sebesar 1489 ind/Ha dengan biomassa sebesar 382 kg/ha. Ikan indikator yang diamati didominasi oleh Chaetodon sebanyak 16 jenis. Megabenthos yang bernilai ekonomis penting dari kelompok kima masih sering dijumpai, namun yang terlihat dominan adalah yang memiliki fungsi ekologis seperti bulu babi dan Drupella. Ekosistem terkait lainnya adalah ekosistem mangrove yang masih dalam tergolong sedang hingga padat. Demikian halnya dengan dengan padang lamun yang juga dalam kategori cukup padat.