Manual operasional MCS dimaksudkan untuk:
-Menjamin perencanaan serta prosedur operasional standar bagi pelaksanaan rencana-rencana pengelolaan terumbu karang mengikuti hukum-hukum perundangan pemerintah yang ada; dan
-Menyediakan manual-manual spesifik untuk setiap lokasi.
Tujuan: Terdapat empat tujuan bagi suatu manual operasi MCS yang lengkap untuk pengelolaan perikanan dan terumbu karang. Adapun tujuan tersebut adalah:
-
suatu mekanisme bagi persiapan petunjuk operasi standar kepada perwira-perwira tingkat nasional dan lapangan;
-
suatu alat pelatihan bagi personil operasional yang baru;
-
suatu arahan dan peringatan bagi perwira-perwira di lapangan, kantor dan kapal-kapal selama masa pembuatan perencanaan dan latihan-latihan operasi; dan
-
Merupakan satu set bahan-bahan referensi operasional yang lengkap dan menyeluruh untuk briefing dan diskusi dengan pejabat-pejabat luar lainnya tentang masalah-masalah perikanan dan terumbu karang MCS, seperti staf hukum, KAMLA, Polisi dan TNI AL.