Program COREMAP telah terlaksana sampai ke Fase II. Dalam fase sebelumnya fase ini telah banyak kegiatan yang dilakukan untuk mengamati kondisi karang dan ekosistem terumbu karang, perkembangan yang terjadi, apakah itu ke arah yang lebih baik ataupun semakin buruk. Metode-metode pemantauan telah dilakukan dan di ujicobakan dalam kegiatan studi baseline maupun monitoring terumbu karang di lokasi-lokasi COREMAP. Metode-metode yang dipakai disesuaikan dengan tujuan penelitian yang ingin dicapai. Metode-metode tersebut, masing-masing mempunyai kekurangan maupun kelebihan. Metode ôRapid Reef Resources Inventoryö (RRI), dapat dipakai untuk pemantauan suatu area terumbu karang yang luas dalam waktu yang singkat, namun kekurangannya terletak pada daya visualisasi sipengamat. Metode pemantauan dengan ôLine Intercept Transectö dianggap terlalu ilmiah, dan kurang tepat untuk menjawab perubahan yang terjadi di suatu area terumbu karang yang luas karena hanya terpatok pada lokasi transek permanen saja. Namun untuk menjawab keanekaragaman karang, metode ini lebih cocok. Untuk keperluan manajemen terumbu karang, dan untuk menjawab naik maupun turunnya persentase tutupan ataupun kehadiran karang hidup, yang dipantau di suatu lokasi yang luas dalam waktu yang singkat digunakan metode ôPoint Intercept Transectö (PIT). Metode ini diujicobakan di lokasi-lokasi konservasi yang dipatok oleh masyarakat desa setempat, yaitu di lokasi daerah perlindungan laut (DPL). Metode ini lebih sederhana tapi terukur, karena dapat menghasilkan persentase tutupan kehadiran karang hidup dalam waktu yang singkat dan mencakup area yang luas. Diharapkan masyarakat setempat yang diwakili oleh staf CRITC daerah dapat melakukan sendiri monitoring kondisi terumbu karang di masing-masing lokasi DPL, yang sudah diawali dengan studi baseline di lokasi yang sama oleh staf CRITC pusat.

Tujuan penelitian ini yaitu untuk melakukan studi baseline ekologi di lokasi Daerah Perlindungan Laut (DPL), yang meliputi pengamatan di bidang Sistem Informasi Geografis (SIG), kondisi karang, ikan karang dan megabentos, membuat plot transek permanen untuk keperluan pemantauan diwaktu mendatang. Data yang dikumpulkan dipakai sebagai data dasar, sebagai acuan untuk pemantauan di lokasi yang sama pada waktu mendatang.